1、双重征税的处理机制
在产生双重征税的情况下，同时通过税务诉讼以及依据税收协定或《欧盟仲裁公约》启动具有约束力仲裁的相互协商程序，是较为常见的做法。异议 / 上诉可能会暂时搁置，直至相互协商程序达成解决双重征税的协议后再行处理。相反，异议 / 上诉也可在未决的相互协商程序期间积极推进，两者同步进行。
若德国通过调整本国纳税人的应税所得引发双重征税，法律上并无迫切需要保持征税期开放的要求。原因是《德国税收通则》第 175a 条以及诸多税收协定均规定，无论时效期限如何，德国均可重新开启税务评估通知程序。
若最初导致双重征税的应税所得调整发生在国外，情况亦如此。《实施税收协定相关措施以防止税基侵蚀和利润转移的多边公约》（即《税基侵蚀和利润转移多边公约》）以及《欧盟税务争议解决指令》并未对此情形产生重大改变。德国已颁布《争议解决法》，将《欧盟税务争议解决指令》转化为国内税法。该法对纳税人存在诸多不利之处，纳税人会丧失税务诉讼程序中通常享有的多项权利，因此，不建议采用税务诉讼程序，而应结合适用的税收协定或《欧盟仲裁公约》下的相互协商程序，采用异议 / 上诉程序。
2、一般反避税规则 / 特殊反避税规则在跨境情形中的应用
《德国税收通则》第 42 条规定的德国一般反避税规则已实施数十年，税务机关偶尔会援引该规则调整应税所得或对纳税人的立场提出质疑。但联邦税务法院始终驳回了大多数此类案件，并将《德国税收通则》第 42 条的适用范围限定于无其他更具体规范可适用的情形。在多数情况下，由于存在其他更具体的规范，德国税务法院驳回了对《德国税收通则》第 42 条的适用请求。
3、国际转让定价调整的争议
过去十年来，德国作出的转让定价调整经常面临多方面的质疑与挑战。根据经合组织公布的统计数据，多年来德国一直是未决相互协商案件数量最多的国家。过去十年间，德国税务法院受理的转让定价案件数量也呈上升趋势，其中大部分涉及：
境内外金融交易；
业务重组；
年终调整对完税价格的影响；
制药行业平行进口的转让定价处理。
近期数据显示，甚至有少数案件是依据《欧盟税务争议解决指令》的框架提出质疑的。
4、单边 / 双边预约定价安排
预约定价安排是一种常用工具，其遵循一般规则，包括预审会议、提交申请、信息查询与答复以及相关税务机关之间的最终谈判等环节。
5、跨境情形相关的诉讼
各类跨境情形（如预提税、私募股权和转让定价）引发的诉讼数量并无显著差异。该领域尚未出现明显的新型诉讼案件。
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