1、双重征税处理机制
在跨境场景下，因额外征税评估或税务调整导致双重征税时，国内诉讼是常用方式，但这并不意味着相互协商程序（MAP）不会作为司法诉讼的替代或补充手段使用。根据经合组织（OECD）统计，2023 年葡萄牙新增相关案件 56 起，同年终结 94 起，截至 2023 年底共有 139 起案件待处理。
具体到转让定价相关案件，据同一来源数据，2023 年新增 11 起，同年终结 39 起，截至 2023 年底共有 61 起案件待处理。
《仲裁指令》与《多边税收征管互助公约》（MLI）
2019 年 9 月，葡萄牙颁布第 120/2019 号法律，实施《欧盟仲裁指令》，该法律制定了成员国之间因解释和适用旨在消除所得（如适用，还包括资本）双重征税的协定和公约而产生争议时的解决机制规则，同时规定了争议发生时受影响人员的权利和义务。
根据欧盟委员会统计，2023 年葡萄牙新增相关案件 8 起，同年终结 29 起，截至 2023 年底共有 49 起案件待处理。
2、一般反避税规则（GAAR）/ 特殊反避税规则（SAAR）在跨境场景的应用
2003 年《经合组织税收协定范本》更新发布后，葡萄牙在第 1 条注释中加入一项说明：根据葡萄牙法律体系的法律层级规则，双重税收协定（DTTs）优先于国内法，无论国内法规则是在协定之前还是之后颁布，因此若一般反避税规则（GAAR）或特殊反避税规则（SAARs）与协定条款冲突，不得优先适用。该说明在 2010 年《经合组织税收协定范本》更新时被删除。
该说明删除后，葡萄牙开始协商允许适用国内反避税条款的协定。具体就一般反避税规则（GAAR）的适用而言，考虑到其可能允许税务机关自行将已发生的事实和交易重新定性为具有同等经济效果的事实或交易，有人认为这可能违反双重税收协定（DTT），因为它可能改变缔约国的征税权。但据了解，这一点从未在法庭上被成功质疑过。
然而，时代在变化。《多边税收征管互助公约》（MLI）引入了更多反避税规则，并在葡萄牙签署的所有公约中纳入了主要目的测试（PPT）。此外，葡萄牙已接受一项原则，即税收协定通常不限制一国对本国居民征税的权利，除非协定明确排除此项权利（“保留条款”），该原则旨在明确受控外国公司（CFC）规则等特殊反避税规则（SAARs）可能与公约相符。
这一发展趋势以及其他国际趋势表明，纳税人在跨境交易中享受税收协定优惠时应格外谨慎，但不应因这些新规则而却步。实际上，主要目的测试（PPT）的影响可能与一般反避税规则（GAAR）并无显著差异。
3、国际转让定价调整的挑战
葡萄牙税法允许相应调整。尽管在预见此类可能性的双重税收协定（DTT）框架下，税务机关可推动相应调整，但通常应由纳税人主动提出，因为这符合其最大利益，可避免因另一国关联公司转让定价调整而产生的双重征税。根据法律规定，纳税人应向税务机关提出相应调整申请，该申请必须在相关双重税收协定（DTT）相互协商程序（MAP）规定的期限内提交。若税务机关同意另一国作出的调整，应在与另一国税务机关达成协议后的 120 天内进行相应调整。
目前尚无关于税务机关已作出的此类调整数量或纳税人提出质疑的相关信息。唯一可获取的信息是，2023 年相互协商程序（MAP）下新增转让定价案件 11 起，同年终结 39 起，截至 2023 年底共有 61 起案件待处理。
有关《多边税收征管互助公约》（MLI）对跨境税务纠纷的影响，详见 8.2 一般反避税规则（GAAR）/ 特殊反避税规则（SAAR）在跨境场景的应用部分。
4、单边 / 双边预约定价安排（APA）
尽管葡萄牙自 2001 年起就在法律中对转让定价作出了详细规定，但预约定价安排（APA）直到 2008 年才引入。早期，纳税人不愿启动预约定价安排（APA），但近年来情况有所变化，预约定价安排（APA）的应用日益广泛，以减少转让定价相关的争议和诉讼。若预约定价安排（APA）数量未增长，预计转让定价领域的税务争议将增多。尽管预约定价安排（APA）耗时较长且涉及复杂的行政程序，但越来越多的纳税人有意签订此类协议。
签订预约定价安排（APA）的程序始于纳税人向税务机关提交申请。若纳税人希望将与居住在葡萄牙已签订双重税收协定国家的关联企业之间的交易纳入范围，可申请双边或多边预约定价安排（APA），在此情况下，申请将通过相互协商程序（MAP）提交给其他相关国家的税务机关。税务机关之间达成的协议将通知纳税人，以确认纳税人接受该协议。申请需包含以下内容：
纳税人选择的方法建议；
明确涵盖的期间和交易；
所有受协议约束实体的签名；
纳税人将配合税务机关且不援引任何商业或职业保密权的声明；
提供所有必要要素，以实现税务机关之间的自动信息交换。
5、跨境相关诉讼
从高等法院的判例来看，跨境场景中引发诉讼最多的是预提税相关案件。不过，转让定价和居民身份相关事宜正日益受到税务机关的关注，近期该领域已启动和 / 或判决了多起相关重要法院案件。
为缓解这一情况，纳税人应制定内部合规规则，以管控此类案件。此外，纳税人还应核实欧盟规则和双重税收协定（DTT）实施所需的各类手续和标准。需特别关注可能预防或减少税务或有负债的事实、文件资料、合规规则及程序。
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