1、合同有效性的问题
首先需要解决的问题是确保合同的有效性，才能取得工程款。
2、相对方的合同问题
如果没有与业主建立直接的合同关系或者没有获得有效的授权委托，业主有权拒绝付款。
3、有关工程结算方式以及数额的问题
工程款结算是施工企业在清偿工程款时的重要环节，也是发包方和承包方之间争议的焦点。
4、商业主违约问题产生的责任归属于开发商。
如果双方的合同没有明确规定，那么拖欠的工程款可以按照同期同类型的贷款利率来计算利息。
5、诉讼时效的疑问
如果工程款的追索诉讼时效超过了规定时间，施工企业将失去胜诉的权利，对方可以以此为理由拒绝支付工程款。一般来说，追索工程款的诉讼时效为2年，从知道或者应当知道权利被侵害的那一刻开始计算。
6、关于施工单位特殊保护的问题
建设工程的价款优先受偿权必须在竣工日期（已完工工程）或约定的竣工日期（在建工程烂尾）起，必须在6个月内行使，并且不能对已经支付了大部分房款的消费者进行对抗。
